微生物发酵即是指利用微生物，在适宜的条件下，将原料经过特定的代谢途径转化为人类所需要的产物的过程。微生物发酵生产水平主要取决于菌种本身的遗传特性和培养条件。本次举例几种有关发酵的微生物，分别是：酵母菌；醋酸菌；毛霉和乳酸菌。
腐乳毛霉
乳酸菌
一、发酵适宜温度：酵母菌15~18℃；醋酸菌18~25℃；毛霉25~30℃；乳酸菌30~35℃
二、发酵原理：果酒、果醋和泡菜都是利用微生物的呼吸作用来获得代谢产物。酿制果醋时利用了醋酸菌的有氧呼吸；酿制果酒时，先利用了酵母菌的有氧呼吸大量繁殖，再利用酵母菌的无氧呼吸产生酒精；制作泡菜时利用了乳酸菌的无氧呼吸；腐乳的制作原理不是利用了微生物的呼吸作用，而是利用了毛霉等微生物产生蛋白酶和脂肪酶；蛋白酶可将豆腐中的蛋白质分解为小分子的肽和氨基酸，脂肪酶可将脂肪分解为甘油和脂肪酸。
三、预防杂菌污染措施：在整个发酵过程中最主要的就是防止杂菌污染。防止杂菌污染的方法有很多种，但不管是制作哪种发酵产品，其方法基本上类似，如：发酵装置要清洗，消毒，消毒方法可以用沸水消毒或者用70%的酒精消毒。其次，在制作腐乳和泡菜时都要加入食盐、卤汁或香辛料，加入这些调料的作用不仅可以调味，同时还可以起到防腐杀菌的作用。特别是在毛豆腐装瓶时，接近瓶口的盐铺厚一些，减少瓶口杂菌感染的风险。
注：腌制泡菜的过程中如果密封不严，氧气会抑制乳酸菌的生长，同时部分好氧菌会大量繁殖，从而泡菜腐烂变质。在腌制腐乳时，卤汁中的酒可以抑制微生物的生长，同时使腐乳具有独特的香味。将毛豆腐装瓶时，要逐层加盐，并且接近瓶口的地方要厚些，因为越接近瓶口的地方越容易感染。
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